За време на Вооружен конфликт од 2001, на 13 мај 2001 година бил назначен за Министер за внатрешни работи на Република Македонијаво широката владина коалиција.

По парламентарните избори на 15 септември2002 година, бил разрешен од функцијата Министер и станал пратеник во Собранието на Република Македонија. Во април 2004 година, со собрани 10.000 потписи, Бошкоски се кандидирал на претседателските избори, но од страна на Државната изборна комисија неговата кандидатура била отфрлена заради неисполнување на условот за 15 години непрекинато живеење во Република Македонија.

Во мај 2004 година Парламентарната комисија за мандатно-имунитетни прашања му го одзела пратеничкиот имунитет, поради сомневање за негова вмешаност во случајот Раштански Лозја, поточно за потикнување на убиство на шест пакистански и еден индиски државјанин на 3 март 2001 година.

По обидот за негово повикување од страна на истражен судија, заминува за Хрватска, каде што се пријавува во полициската станица во Загреб. По објавената меѓународна потерница и доставеното барање за негово судење во Хрватска од страна на Министерството за правда на Република Македонија, Бошкоски е притворен во затворот во Пула. По шестмесечна истрага, основниот јавен обвинител Нуиќ покренува обвинение за вмешаност на Бошкоски за извршени седум дела на убиство, но судењето не отпочнало заради барањето од Меѓународниот кривичен суд за поранешна Југославија во Хаг да биде депортиран во затворот во Шевенинген за случајот Љуботен, поточно за убиство на 10 цивили на 12 август 2001 година во селото Љуботен.

На 22 април 2005 година Основниот суд во Скопје донесе ослободителна пресуда за 4 обвинети во случајот Раштански лозја, па се очекува и судот во Пула, кој го замрзнал предметот заради заминување на Бошкоски во Хаг, да го ослободи за истот случај.

Судењето започнало на 16 април 2007 година, а заврши на 10 јули 2008 година, кога Бошковски е прогласен за невин од страна на Хашкиот трибунал за настаните во скопското село Љуботен во август 2001 и е ослободен.